Laboratorium zostało powołane w 1963 roku z inicjatywy Profesora Jerzego Zwolińskiego. W tym samym roku zostało członkiem International Society for Animal Genetics (ISAG). Od początku działalność Laboratorium ma aspekt praktyczny, wyniki badań mogą być wykorzystywane przez hodowców koni lub organizacje hodowlane do weryfikacji pochodzenia koni. Formalne powołanie Laboratorium Badań Markerów Genetycznych u Koni (LBMGuK) jako wydzielonej jednostki nastąpiło w drodze zarządzenia JM Rektora Akademii Rolniczej w Poznaniu w 1998 roku. Od tego roku do przejścia na emeryturę w 2015roku Laboratorium kieruje dr Grzegorz Cholewiński.
Od początku działania Laboratorium co dwa lata bierze udział w Międzynarodowych Testach Porównawczych organizowanych przez ISAG, zawsze osiągając bardzo dobre rezultaty. Od 2012 roku, w którym wprowadzono certyfikację na podstawie wyników testu porównawczego, LBMGuK zawsze utrzymuje się w pierwszej najwyższej grupie rankingowej.
Początkowo badania Laboratorium skupiały się przede wszystkim na grupach krwi u koni oraz pozyskaniu własnych surowic do prowadzenia tych analiz. Z czasem panel badań został rozszerzony o inne markery klasy i – polimorficzne białka surowicy krwi oraz enzymy erytrocytarne. Pod koniec lat 90 ubiegłego wieku rozpoczyna się proces wypierania markerów genetycznych klasy i przez wysoce polimorficzne sekwencje mikrosatelitarne DNA (markery klasy II). Badania DNA charakteryzują się wyższym współczynnikiem wykluczenia (w przypadku niezgodności w pochodzeniu jest prawie 100% prawdopodobieństwo wykrycia) a dodatkowo do badań nie jest potrzebna świeża krew - wystarczą dowolne komórki zawierające DNA np. cebulki włosowe.
Kilka lat temu w ofercie Laboratorium pojawiły się badania mutacji wpływających na umaszczenia koni. W przyszłości, jeżeli będzie takie zainteresowanie ze strony hodowców, możliwe jest wprowadzenie do oferty badań mutacji wywołujących choroby genetyczne koni.